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La direction régionale est implantée sur deux sites : le siège à Besançon et un site à Dijon. L’équipe est composée de 27 personnes et organisée autour de missions transversales et de 4 pôles : transition énergétique, économie circulaire, territoires durables et gestion.

Chaque année, l’ADEME investit en Bourgogne-Franche-Comté environ 30 à 40 millions d’euros sur le territoire pour développer les projets de transition énergétique et écologique de tous les acteurs.

Elle intervient dans l’accompagnement de projets et de démarches territoriales, l’élaboration d’outils, la diffusion de bonnes pratiques, l’apport de financements, le lancement d’appels à projets, la mise en place de formations, l’organisation de journées techniques, la communication et l’information des publics.

L’agence mène la plupart de ses missions en partenariat avec les acteurs du territoire, en particulier la Région, l’État, les collectivités et les acteurs socioprofessionnels. Ensemble, ils favorisent la création de réseaux régionaux et assurent leur animation.