Le financement de la méthanisation est assuré par un partenariat régional entre l’ADEME, le Conseil régional de Bourgogne-Franche-Comté et les fonds européens. 
Les études de projet peuvent être financées si elles sont réalisées par un bureau d’études indépendant de tout constructeur et qu’elles respectent un cahier des charges discuté au préalable avec la chambre d’agriculture et l’ADEME. Des aides à l’investissement sont également mobilisables sous réserve du respect des critères d’éligibilité.